의료비 세액공제 실손보험금, 300만원 쓰고 200만원 받으면 공제가 안 나온다

병원비로 300만원을 쓰고 실손보험금 200만원을 받았다면 연말정산 의료비 세액공제에는 남은 100만원만 들어갑니다. 의료비 세액공제는 총급여의 3%를 넘게 쓴 부분에만 나오기 때문에 연봉 5천만원이면 150만원을 넘게 써야 공제가 시작됩니다. 100만원은 여기에 못 미치니 공제가 0원입니다. 그렇다고 실손 청구를 하지 않을 이유는 없습니다. 보험금 200만원을 포기하고 받는 공제는 22만5천원뿐입니다.

최종 업데이트: 2026-10-09

연봉(총급여)	실손보험금	공제 대상 의료비	의료비 세액공제
5천만원	청구 안 함	300만원	22만5천원
5천만원	200만원 받음	100만원	0원
3천만원	200만원 받음	100만원	1만5천원

100만원 남으면 연봉 3,334만원부터 공제 0원

의료비 세액공제는 한 해 동안 쓴 의료비가 총급여의 3%를 넘을 때 넘은 금액의 15%를 소득세에서 빼 주는 제도입니다(소득세법 제59조의4). 연봉 5천만원이면 3%가 150만원입니다. 병원비 300만원을 그대로 넣으면 기준을 넘는 150만원의 15%인 22만5천원을 공제받습니다.

실손보험금 200만원을 받았다면 계산이 달라집니다. 공제 대상은 근로자가 직접 부담한 의료비라서 보험회사에서 돌려받은 실손보험금은 빼야 합니다(소득세법 시행령 제118조의5). 남은 100만원은 150만원에 못 미치니 공제가 0원이 됩니다.

남은 의료비가 100만원이면 연봉 약 3,334만원부터 공제가 0원입니다. 이 연봉부터 3% 기준이 100만원을 넘기 때문입니다. 연봉 3천만원이면 기준이 90만원이라 100만원 중 10만원이 기준을 넘고 그 15%인 1만5천원은 공제받습니다. 여기서 연봉은 근로소득 원천징수영수증에 적힌 총급여입니다. 공제액은 모두 소득세 기준입니다.

총급여	3% 기준	남은 의료비 100만원의 공제
3천만원	90만원	1만5천원
4천만원	120만원	0원
5천만원	150만원	0원
6천만원	180만원	0원

그래도 실손은 청구하는 게 낫다

그러면 실손을 청구하지 않고 공제를 받는 편이 나을까요? 연봉 5천만원에 병원비 300만원이면 청구하지 않을 때 공제는 22만5천원입니다. 청구하면 공제는 0원이지만 보험금 200만원을 받습니다. 청구하는 쪽이 177만5천원을 더 받습니다.

연봉이 얼마든 결과는 같습니다. 일반 의료비의 공제율이 15%라서 보험금 1만원을 받으면 공제는 많아야 1,500원 줄어듭니다. 공제율이 가장 높은 난임시술비(30%)도 3천원입니다. 받을 수 있는 보험금은 청구하시는 것이 맞습니다.

빼야 하는 돈, 실손보험금과 상한제 환급금

의료비에서 빼야 하는 돈은 두 가지입니다. 하나는 실손보험금이고 다른 하나는 본인부담상한제 사후환급금입니다. 국세청은 올해 1월 연말정산에서 자주 틀리는 항목을 정리하면서 이 둘을 함께 들었습니다(국세청 2026년 1월 23일 보도참고자료).

실손보험금은 받은 금액만큼 뺍니다. 국세청이 든 예로 6월에 의료비 100만원을 쓰고 7월에 실손보험금 70만원을 받았다면 공제 대상 의료비는 30만원입니다.

본인부담상한제 사후환급금은 1년 동안 낸 건강보험 본인부담금이 소득 수준별 상한을 넘었을 때 넘은 금액을 건강보험공단이 돌려주는 돈입니다. 실손보험금과 마찬가지로 돌려받은 돈이라 공제 대상 의료비에서 뺍니다.

다음 해에 받은 돈은 진료비를 낸 해에서 뺀다

2025년에 진료비를 내고 실손보험금은 2026년에 받았다면 2025년 의료비에서 보험금을 뺍니다.

2025년분 연말정산을 이미 마쳤다면 그해 의료비 세액공제를 고쳐 수정신고해야 합니다. 보험금을 받은 해의 종합소득세 확정신고 때까지 수정신고하면 가산세는 면제됩니다(국세기본법 시행령 제28조). 2026년에 보험금을 받았다면 2027년 5월 종합소득세 신고 때까지입니다.

본인부담상한제 환급금은 먼저 어느 해 의료비분으로 나온 돈인지 확인합니다. 2025년에 받은 환급금이 2025년 의료비분이면 2026년 1월 연말정산 때 빼면 됩니다. 2024년 이전 의료비분이면 그해 의료비에서 빼고 수정신고합니다. 연말정산을 마친 뒤에 환급금을 받아 수정신고하는 경우에도 가산세는 붙지 않습니다.

이런 경우는 어떻게 하나

실손보험금을 받은 내역은 어디서 확인하나요?
홈택스 연말정산간소화 서비스의 의료비 항목에서 조회할 수 있습니다. 공제에서 빼는 금액이라 증빙서류는 따로 내지 않고 본인이 금액을 확인해 빼면 됩니다.

새마을금고나 우체국에서 받은 실손보험금도 빼나요?
뺍니다. 수협·신협·새마을금고 공제, 군인공제회·한국교직원공제회 같은 공제회, 우체국보험을 운영하는 우정사업본부에서 받은 실손보험금도 보험회사에서 받은 것과 똑같이 의료비에서 뺍니다(소득세법 시행령 제216조의3).

맞벌이인데 배우자 병원비를 제가 냈어요. 누가 공제받나요?
병원비를 낸 사람이 공제받습니다. 진료받은 배우자는 공제받지 못합니다.

정리하며

1. 홈택스 연말정산간소화의 의료비 항목에서 실손보험금 받은 내역을 확인한다.
2. 의료비에서 실손보험금과 본인부담상한제 환급금을 빼고 남은 금액이 총급여의 3%를 넘는지 계산한다.
3. 연말정산을 마친 뒤에 보험금이나 환급금을 받았다면 진료비를 낸 해의 의료비에서 빼고 수정신고한다.

연말정산에서 세금을 줄이는 다른 방법도 함께 확인해 보세요.

참고 자료: 국가법령정보센터 — 소득세법 제59조의4 · 소득세법 시행령 제118조의5 · 국세상담센터 — 의료비 세액공제 상담 사례 · 국세청 보도참고자료(2026년 1월 23일) (확인일 2026년 10월 9일)